ノーベル経済学賞の選考は、物理学賞、化学賞と同様にスウェーデン王立科学アカデミーによって行われる（生理学・医学賞はカロリンスカ研究所、平和賞はノルウェー国会、文学賞はスウェーデン・アカデミーによって行われる）。選考にはおよそ1年の期間が費やされ、その過程は秘密とされている。ノーベル財団によって認定されている。
選考に際しては、毎年9月に王立科学アカデミー内に設置された経済学賞の委員会が翌年の候補者の推薦依頼状を推薦権所持者に送付し、候補者を集める。推薦権を所持するのは、王立科学アカデミーの会員と委員会の構成員、過去の受賞者、北欧諸国の大学の経済学の教授、世界から選ばれた大学の経済学部門の長、特別に選ばれた個人などであり、締切りは1月の末である。
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委員会の選考は外部の専門家の助言とともに進められ、最大3人の受賞者を内定する。決定は王立科学アカデミーが行い、事前に予告した日に発表を行う。自然科学の3賞（物理、化学、生理学・医学）は受賞分野を決めてから受賞者を絞り込むとされており、経済学賞も同様と見られる。
授賞式は毎年ノーベルの命日にあたる12月10日にストックホルム（平和賞はオスロ）で開催され、スウェーデン国王からノーベルの肖像が入ったメダルなどが手渡される。
ノーベル経済学賞の設置自体が間違いであったと考える者も多い。1997年にはノーベル文学賞の選考機関であるスウェーデン・アカデミーが経済学賞の廃止を要請した。
ノーベル家の一部の人達はこの賞をノーベル賞として認めていないだけではなく、ノーベルの名の使用にも抗議している。2001年にはノーベルの兄弟の曾孫にあたるスウェーデン人の弁護士ら4人が地元紙ダーグブラデットに寄稿し、経済学賞は「全人類に多大な貢献をした人物の顕彰」というノーベルの遺言の趣旨にそぐわないと批判した。